Ecclesiasticamente il territorio di Saiano appartenne probabilmente alla pieve della cattedrale di Brescia, gravitando poi su quella di Iseo e infine su Gussago.
Scartata la tradizione che la vita religiosa si sia poi incentrata intorno alla chiesa di S. Dionigi che, secondo una tradizione raccolta dal Caprioli, sarebbe stata fondata da Carlo Magno nel 779, il primo documento che si conosce è il rogito redatto il 3 aprile 1019. Nel sec. XIV dovette sorgere una chiesa più ampia eretta in parrocchia.
Le origini della parrocchia vengono fatte risalire al sec. XIV quando la chiesa era affidata ad un rettore-parroco. La prima investitura di cui si abbia documentazione è un atto del notaio Jacopino di Ostiano del 5 aprile 1379 col quale il prevosto di Gussago conferisce la rettoria di S. Salvatore al sacerdote Ranuzio di Todi. Passano alcuni decenni e in un documento del 6 febbraio 1461 è registrato un cambio di terreni del beneficio fra il rettore di Saiano don Guidone de Scaribiis de Parma con certo Nicolino Botteri di Saiano.
Di notevole rilievo la costruzione dal 1588 accanto alla chiesa di S. Maria degli Angeli di un convento di Terziari Regolari Francescani sostituiti poi dai Minori Francescani Osservanti.
Nel territorio sorgono chiese come quella di S. Dionigi già ricordata nel 1355 e nel 1461, di S. Rocco (1513). Nel 1534 viene terminata la chiesa di S. Maria degli Angeli, accanto alla quale sorgerà il convento francescano, mentre nella frazione di Muraga sorgeva l’oratorio di S. Antonio abate.

La parrocchia assume sempre più precisi connotati pastorali dopo il Concilio di Trento. Nel 1581 è presente la Confraternita del SS. Sacramento; nel 1583 viene eretto il Monte di Pietà; nel 1648 è presente la Confraternita della Madonna del Rosario.
Non mancano momenti di crisi. Il 5 dicembre 1601 il rettore parroco viene decapitato sulla pubblica piazza di Brescia con l’accusa di “monetario” (cioè usuraio) ed altro.
Superato il tempo del disgraziato parroco, agli inizi del sec. XVII, la parrocchia conta in don Giov. Francesco Fiorentini un sacerdote zelante, studioso e poeta, autore di opere apprezzate. Del resto il prestigio della parrocchia è confermato dall’erezione in vicaria foranea, che nel 1611 abbraccia le parrocchie di Rodengo, Ome, Ronco, Gussago, Sale di Gussago e Cellatica.

Nella prima metà del sec. XVII i nobili Fenaroli costruiscono accanto alla villa di Corneto l’oratorio di S. Teresa, ma soprattutto ciò che più conta è la ricostruzione della chiesa parrocchiale. Un segno considerevole della loro presenza lasciarono i Padri della Pace, che ebbero a Saiano “la più diletta” loro villeggiatura con casa padronale, abitazione del massaro e 35 piò di terra, lascito disposto in data 23 luglio 1641 del fratello laico Marco Rizzini (m. 4 gennaio 1650) già notaio prima di entrare in Congregazione. I beni vennero ingranditi con acquisti in contrada Muraga fatti dal 1651 al marzo 1688.

I Padri aiutarono con generosità la vita della parrocchia, collaborando alla vita pastorale ed eressero l’oratorio di S. Filippo Neri. A premio di tanta attività e di così intenso lavoro pastorale il 2 febbraio 1686 veniva chiesta e ottenuta l’erezione dell’arcipretura di Saiano e ciò in vista del fatto, come scriveva il vicario foraneo del tempo, che la terra di Saiano “è competentemente grande, nella quale vi sono diverse Famiglie Nobili e numerose, e la chiesa Parrocchiale della medesima terra è assai bella, ed à quattro altari, e tra i confini della medesima parrocchia vi sono tre Oratori, oltre la chiesa e convento dei Padri Minori Osservanti di San Francesco, nel quale vi abita continuamente buon numero di Religiosi Sacerdoti”.
Da parte sua don Pio Martinelli ancora nel 1887 testimoniava: «che la popolazione è buona nella sua gran maggioranza, piena di fede… Questo paese poi ha la fortuna d’avere buoni e cristiani Signori nelle rispettabilissime famiglie conti Francesco Bettoni, sindaco e nob. Lelio Fenaroli, i quali colla parola e coll’esempio sono di comune edificazione».
Dopo decenni di quiete e di ordinaria amministrazione la vita parrocchiale ebbe un rapido risveglio sulla fine dell’800. Infatti nel 1887 la parrocchia visse momenti difficili con la nomina ad arciprete di don Giacomo Mazzoldi. Contestato dalla popolazione questa venne convinta ad accettarlo dal beato don Giovanni Piamarta. Il sacerdote, morto il 18 giugno 1893, fu poi in venerazione sia in vita che in morte. Particolarmente attivo il parrocchiato di don Giuseppe Garbelli (1893-1906) al quale si deve la nascita della Congregazione delle Madri Cattoliche, delle Figlie di Maria, degli oratori maschile e femminile e dell’asilo infantile.
L’8 ottobre 1899 p. Bonaventura Ghitti da Borno erigeva una Congregazione conventuale del Terz’Ordine Francescano che andò aumentando raggiungendo nel 1926 il suo “periodo aureo” per la commemorazione del centenario francescano.

Parallelo al risveglio della vita religiosa e devozionale fu quello sociale assistenziale. Si deve a don Garbelli, aiutato da famiglie del paese, la fondazione nel 1898 dell’Asilo infantile a reggere il quale assieme all’oratorio chiamava le Suore Poverelle. Il 1° settembre 1900 l’istituzione viene intitolata a Re Umberto I. Collocato in un fabbricato del beneficio, ampliato nel 1908, dotato di uno statuto nel 1906, quando fu eretto in Ente Morale, statuto modificato nel 1938 e nel 1991; venne costruito un edificio nuovo per l’intervento delle sorelle Anna e Maria Fenaroli nel 1956, poi a loro dedicato.
Nel 1909 il parroco don Salvi dava vita alla Casa S. Giuseppe gestita dalle Ancelle di S. Marta più conosciute col nome di Suore Bianche di Saiano. A cinquant’anni dalla fondazione la casa accoglieva ancora ben 83 ospiti interne e più di 90 collaboratrici esterne. L’apostolato sulla fine dell’800 e, specialmente nei primi decenni del ‘900, si adeguava a nuove esigenze. Già nel 1915 era efficiente sotto la direzione di don Callisto Raineri un oratorio maschile, che si sviluppò nel 1944 sotto il parroco don Domenico Rossini.

Larga beneficenza svolse la parrocchia in momenti difficili organizzando aiuti durante rigidi inverni (come quello del 1911) e in anni seguenti quando venne allestita una cucina gratuita presso l’Asilo infantile per 120 giorni l’anno a favore dei bisognosi.